●可降低抗生素引起腹瀉的發生率
抗生素是用來殺除外來侵犯人體的微生物，然而可能一併殺除原本腸胃道的好菌導致腹瀉。醫學研究，0-65歲使用抗生素的病人可補充益生菌預防或治療抗生素相關性腹瀉。手術後若已能經腸道進食時，在醫師評估後可補充益生菌。

●可降低感染性腹瀉嚴重度及罹病期
文獻建議，預防旅遊水土不服的「旅行者腹瀉」可在出發前2天至行程最後1天，每天吃益生菌減少異地細菌感染。平日生活出現感染腹瀉症狀，吃3天益生菌可降低腹瀉程度。建議將益生菌納入常備藥，但不要放在無空調的車內或是室內，溫度太高會消減菌數。

●緩解腸躁症之疼痛及腹脹感
飲食西化改變體質，越來越多腸躁症或是自體腸道發炎病人出現腹部疼痛及腹脹感等症狀。小腸醫學會針對發炎性腸道疾病(IBD)有建議可以補充益生菌緩解症狀，特別是潰瘍性結腸炎(UC)。

●心理健康由腸道開始思考
腸道菌叢被稱為人的「第二個大腦」。大腦掌控腸胃道的運作和免疫功能，幫助穩定腸道生態；腸道中的微生物影響部分神經傳導物質分泌，進一步影響大腦功能。2015年《Nature》雜誌「心理健康─由腸道開始思考」的研究顯示，部分益生菌可改善焦慮、抑鬱等情緒障礙。目前研究僅限於動物試驗。

      最後提醒，治療腹瀉、腹痛、便秘等腸胃道問題，最好選擇「藥品等級」的益生菌，確保安全與效能，平常也要多食蔬果才能養好腸道好菌。另外目前益生菌並「沒有」過敏預防或治療的適應症，但可在正規醫藥治療下經醫師指示作為輔助。遵循醫師、藥師指示服用益生菌，一般是飯後或是睡前，因為胃內有食物時胃酸的酸性減弱，有助於增進益菌抵達腸道作用的總數目。