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本院兒科擁有中部海線地區最完整次專科醫療團隊，設有：新生兒科、兒童神經科、兒童腸胃科、兒童感染科、兒童骨科、兒童耳鼻喉科、兒童急救加護、兒童重症等，科內擁有最齊全的高科技儀器如：兒童腦波、彩色超音波、兒童胃鏡，大腸鏡檢查等；讓未來的主人翁接受最好的醫療照護。
兒童骨科
兒童骨科由王迺輝院長的領銜，國內外聲譽卓著，舉凡先天性髖脫臼、杵型足及各種兒童先天或後天的骨關節疾患治療，成效卓越，為中部地區唯一具備兒童骨科專科醫師訓練資格之醫院。
兒童腸胃科
由兒科周宇光主任主持，主治兒童腸胃肝膽等方面的各種疾病，包括兒科急慢性腹瀉、腹痛、肝膽胃腸疾病、消化道功能不良、營養失調、肝炎、黃疸等。
兒童感染科
針對兒童感染症狀明確的鑑別診斷及治療，從一般常見的呼吸道感染（如：肺炎）、中耳炎、鼻竇炎，消化道感染（如：沙門氏菌腸胃炎、痢疾、輪狀病毒腸胃炎），到嚴重的敗血症、腦膜炎以及腸病毒感染等。
兒童神經科
兒童神經科針對各種兒童神經疾病，主治兒童癲癇、腦膜腦炎、兒童先天性肌肉系統疾病、兒童發育遲緩(語言、動作、學習能力障礙)和早期療育、運動障礙以及神經系統的癌症等；並與神經內科共同成立癲癇病友聯誼會，使神經內兒科更佳完備。
新生兒科
凡是出生兩個月內的嬰兒，新生兒科可針對其發生的各種疾病診治，如：呼吸窘迫、黃疸、新生兒窒息、顱內出血、先天異常、新生兒感染等，皆能提供完善的治療。
兒童耳鼻喉科
針對兒童聽力、語言發音、兒童鼻竇炎、鼻過敏症、急性中耳炎等提供詳細檢查與治療；尤其幼兒語言發展的關鍵期約2-3歲，若能早期發現聽障的問題，才不致錯過關鍵治療時刻。因此，本院特別引進「穩定狀態的聽力誘發反應SSEP」儀器，結合全院新生兒聽力篩檢(ABR)推廣，針對聽力篩檢(ABR)反應異常的新生兒可立即給予進一步的聽力檢查(SSEP)，判斷兒童聽障程度。
兒童心臟科
各種先天性心臟病的診斷及治療、川崎症、心雜音、胸痛、心律不整、心悸、小兒心導管檢查與介入性心導管治療手術。
兒童發展早期療育評估中心
1.兒童及青少年發展評估，如：人格衡鑑、智力測驗、心理評估等。
2.藝術心理治療，針對：注意力不足過動症、自閉症，亞斯伯格症、發展遲緩、情緒障礙等病患，安排個別或團體治療。
3.提供各縣市兒童發展早期療育中心相關訊息，及通報各縣市轉介中心。
4.提供特殊教育資源的諮詢服務。
5.不定期舉辦兒童發展與青少年成長相關議題講座。
兒童重症加護中心
本院兒科除一般病房外，另有兒童及新生兒加護病房，設備完善，設有保溫箱、呼吸輔助器、黃疸照光設備，提供兒童及新生兒重症治療，且有醫師及專業之醫護人員二十四小時提供嚴密的照護。本院目前救治存活之最低體重早產兒為650公克，在海線地區為首見案例。
新生兒高級(Level Ⅲ)轉診責任醫院
本院兒科配合緊急醫療網，提供二十四小時兒童急診及夜間、假日門診，並備有救護車及手提式保溫箱機動待命，提供社區診所新生兒發生危急狀況時之救護需要，其專業照護及設備，使本院榮獲周產期醫學會評定為「新生兒高級(Level Ⅲ)轉診責任醫院」，提供後(轉)送來本院的病嬰及早產兒妥善且即時的醫療服務。
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