本院麻醉科於民國七十三年由翟財鈞主任成立，歷經楊文龍主任，現由何始生醫師擔任主任職務。本科業務涵蓋臨床麻醉、急救和急慢性疼痛治療等，且為衛生署署定專科，擁有堅強的麻醉醫療團隊，除能提供一般手術麻醉服務外，更能在跨科別審慎評估病人身體狀況後，精準的執行特殊或高難度的手術麻醉，如胸腔手術、心臟手術、老人手術、小兒手術及重症手術等麻醉照護。歷年來不僅完成許多海線第一的高難度心臟手術成功案例，也成功為高齡百歲人瑞進行手術麻醉，2007年更成功在小兒加護病房為體重僅700克的早產兒進行心臟手術麻醉。
本科與胃腸科、神經外科合作，利用射頻作介入性治療酒精性胰臟炎病患疼痛問題、下背痛問題，均獲得良好成效，更與癌症中心合作，提供癌症病患疼痛治療。2011年底本科引進MRI專用麻醉機，為台灣中部以北唯一能提供MRI檢查時麻醉作業之醫院。