包括一般傳統的胃十二指腸鏡、 乙狀結腸鏡、大腸鏡檢查；及最新NBI (窄頻影像) , 螢光及放大內視鏡檢查。

NBI(Narrow Banding Image,窄頻影像)內視鏡檢查

是利用光線變頻使波長窄化，可突顯食道、胃、大腸表層粘膜微血管及粘膜微細腺口形態構造的原理，藉以早期辨識粘膜表層最早期癌病變， 使咽喉、食道、食道胃交接、胃及大腸早期癌無所遁形。

無痛式內視鏡檢查

所謂「無痛式」內視鏡檢查，簡單來說是在內視鏡執行的過程中經由靜脈注射藥物來達到麻醉及止痛的效果，經由靜脈注射麻藥，讓病患暫時昏睡，病患較不會緊張。而且醒來也不太記得內視鏡的過程中所發生的事情，病患祇是覺得睡了一覺而已。常使用的靜脈注射藥物很多，如Midazolam、Fentanyl、Demerol、Propofol等等，可以單獨使用或是合併使用，目的是為了達到良好且安全的鎮定麻醉效果，由於施打的藥量不多且多為短效的藥物，因此麻醉後的意識恢復也很快速，能夠很快的把病人叫醒。

無痛式內視鏡檢查前需由麻醉醫師評估受檢者身體狀況，並詢問有無藥物過敏等病史。確認沒有重大麻醉風險後，打上點滴，接上血氧、心率和血壓監視器，然後靜脈注射麻醉藥物，達到意識麻醉conscious sedation)的層次，身心放鬆，但又不像手術時的深度麻醉。在麻醉醫師或護理師全程監控下，由腸胃科醫師操作鏡檢。

無痛式內視鏡檢查包括無痛胃鏡、無痛大腸鏡等，因為健保沒有給付麻醉相關的藥物、儀器和醫護人力費用，受檢者須自行負擔。