新生兒科：
本院為周產期緊急醫療網、高危險妊娠轉診的責任醫院。本科設有新生兒加護中心，內有各種生理監視設備及性能優越的呼吸器（包括一台高頻呼吸器），專門治療呼吸窘破的新生兒, 並提供最佳的新生兒照顧。本院加護病房中提供輻射保溫處理台, 以最快速、最安全的方式讓新生兒得到溫暖的醫療處置。並以整體的新生兒醫療團隊--包括醫師、護理人員、營養師、藥師、社工師等專業人員一起為新生兒醫療努力。新生兒加護團隊醫療每日為個案進行身體評估、家庭評估，每日24小 時醫師與護理人員隨時觀察病人生命徵象及變化，協助診斷與病患照顧，一天基本的兩次會客時間中主動為家長解釋病情、提供諮詢，說明處置的需要性，例如嬰兒 沐浴、每日體重變化、餵食情況、照光療護、藥物治療情形、一般檢查追蹤情形等。

兒童腸胃科：
本科部配置有兒童消化內視鏡，可診斷腸道內的各種疾病，如潰瘍、腫瘤、感染等，對一般兒科腸胃疾病可作即時診斷及治療。兒童胃腸科在兒科的領域中佔有一大部分，最主要是因為兒童有為數不少的腹部或腸胃道症狀及疾病，常見的腸胃疾病如腸 胃炎、急性腹痛、慢性腹痛、便秘、腸套疊、盲腸炎、消化性潰瘍疾病等；而常見的肝膽疾病如黃疸，有關的疾病如肝炎、膽道閉鎖與膽道囊腫等。在諸多腸胃疾病 中輕者可能僅需藥物治療，但嚴重者可能需要積極治療包括開刀，甚至威脅到生命，需要兒童胃腸肝膽科醫師的診斷與治療。

兒童神經科：
兒童神經專科是本科特色之一。
服務項目: 小兒腦波、睡眠多項生理檢查、顱內超音波、 誘發電位(體   感誘發電位、視覺誘發電位、腦幹誘發電位)、神經傳導、肌電圖、自律神經、神經心理測驗等。在影像攝影方面，本院擁有最精密的核磁共振和正子攝影，提供最精良的診斷。

兒童感染科：
針對兒童感染症狀明確的鑑別診斷及治療，從一般常見的呼吸道感染(如:肺炎)、中耳炎、鼻竇炎，消化道感染(如:沙門氏菌腸胃炎、痢疾、輪狀病毒腸胃炎)，到嚴重的敗血症、腦膜炎以及腸病毒感染重症等。