本科為消化系內科專科醫師訓練醫院。擁有專屬的內視鏡治療中心及超音波室，現已累計上萬例之一般胃鏡及上腹部超音波、大腸鏡等豐富經驗。除擁有胃十二指腸鏡、大腸鏡、與直腸鏡檢查外，引進最先進的窄波影像系統，診斷癌前期病灶，以期發現更多早期癌病變。本科亦提供全身麻醉無痛鏡健檢，以減輕病人的不適，在治療方面，另有內視鏡逆行性膽胰管檢查、乳突切開取石術、氣球擴張術、膽道支架引流術、鼻膽道引流術等肝膽系攝影檢查治療技術。為加強民眾對肝病的認知與治療，設立保肝小組及肝癌醫療團隊，深入社區進行衛教宣導及篩檢，更加落實服務社區的理念。為擴大醫療服務範疇，更於2012年4月開始支援通霄院區門診，並自2014年3月開始B型及C型肝炎治療。

無痛內視鏡就是在傳統鏡檢開始前，給予鎮靜止痛藥物，使受檢者處在輕度麻醉狀態後再開始。檢查前需先做心電圖、胸部X光，交由麻醉醫師評估受檢者身體狀況，並詢問有無藥物過敏等病史。確認沒問題後，打點滴，接上血氧、心率和血壓監視器，然後靜脈注射麻醉鎮痛（如demerol）和抗焦慮安眠藥物（如valium），達到朦朧麻醉（conscious sedation）層次，身心放鬆，但又不像手術時的深度麻醉。在麻醉醫師或護理師全程監控下，腸胃科醫師操作鏡檢，做法和一般胃鏡、大腸鏡相同。